La Rectoría constituye el más alto nivel ejecutivo. El Rector es el funcionario de mayor jerarquía en la Universidad. Representa a la institución en lo concerniente a su vida académica y administrativa, y desempeña sus funciones por períodos de dos (2) años, que pueden ser renovables hasta tres, es decir, por un total máximo de seis años. De la Rectoría dependen las vicerrectorías Académica, de Asuntos Docentes, estudiantiles e internacionales y de posgrado, así como la Administración General. A la Rectoría también reportan las oficinas de Tecnología de información, de Planificación, de Comunicación y mercadeo institucional, y de Investigación, evaluación y publicaciones.

Staff de la Rectoría:

• Dr. Franklyn Holguín Haché, Rector
• Ing. Noelia Sánchez, Secretaria Administrativa de la Junta
• Lic. María Isabel Hernández, Secretaria Administrativa